叶本晨
教育
苏州大学 2016.9 - 2019.12
苏州
- 医学系统生物学
- 硕士
安徽大学 2011.9 -2015.6
合肥
- 生物工程
- 学士
能力优势
- 英语
英语六级 - 作图
ggplot2、photoshop - 计算机
计算机二级、微软认证IC3证书 - 程序编程
R、Python、Linux、php、mysql、html - 菌种多样性分析
16S、宏基因组测序生信分析 - 基础生物知识
生物化学、细胞生物学、分子生物学
荣誉奖励
- 校级二等奖学金
苏州大学, 2018 - 校级二等奖学金
苏州大学, 2017 - 校级二等奖学金
苏州大学, 2016 - 文典阁摄影大赛二等奖
安徽大学, 2015 - 校级三等奖学金
安徽大学, 2013 - 校级三等奖学金
安徽大学, 2012
研究成果
CRC-EBD: Epigenetic Biomarker Database for Colorectal Cancer.
- Liu X, Zhang X, Chen J, Ye B, Ren S, Lin Y, Sun X, Zhang H, Shen B.
CBD: a biomarker database for colorectal cancer.
- Zhang X, Sun X, Cao Y, Ye B, Peng Q, Liu X, Shen B, Zhang H.
Systems Health: A Transition from Disease Management Toward Health Promotion.
- Shen L, Ye B, Sun H, Lin Y, van Wietmarschen H, Shen B.
科研经历
硕士课题：癌症驱动基因网络特征表征 2016.4 – 2019.10
- 文献挖掘、清洗癌症共识驱动基因，并进行生物功能分析与注释
- 在PPI网络中表征癌症驱动基因网络拓扑分布特征
- 基于网络拓扑分布特征构建癌症驱动基因分类模型
结直肠癌 biomarker 数据库构建 2017.3 – 2017.9
- 讨论数据库框架、条目、关键词及检索式、收录规范
- 三轮收集整理数据 (2010/1/1 - 2014/9/1), 收录470篇文献
- 清洗数据、Biomarker 注释、统计汇总
- 全表查错、校正、格式统一
癌症 miRNA biomarker 数据库更新 2016.9 – 2016.12
- 更新数据(2014/7/1 - 2016/6/30), 收录624篇文献
- 清洗数据、统计汇总
- 文章图、表制作
本科课题：HOXC8在肺癌细胞EMT过程中的转录调控机制 2015.2 – 2015.6
- HOXC8过表达、敲低对肺癌细胞EMT过程的影响
- 肺癌A549细胞培养、构建载体、转染
- 分析EMT相关基因转录情况（提取mRNA反转录、RT-qPCR检测）
- 筛选表达显著改变的基因进一步分析
工作经历
浙江大学健康医疗大数据研究中心 2020.8 - 2021.3
科研助理
- 兰溪多维队列现场组织管理
- 队列生物样本存储信息库构建与网页可视化
- 构建自动化队列样本收集进展周报与可视化系统
- 队列问卷数据库数据预处理、AES双向加密、数据库后台管理
苏州金唯智生物科技有限公司 2019.12 - 2020.7
生信工程师
- 完成近百个16S、18S、ITS、23S、28S等多种类型扩增子测序项目生信分析
- 升级基于python封装的菌种多样性鉴定软件功能
- 构建Silva 23S、28S物种注释数据库
- 优化升级16S测序分析SOP流程
实践经历
- 四川大学华西医院系统遗传研究院
2019.4-2019.10 - 参加第十届R语言大会
2017.5 - 第二届生物医学工程国际会议志愿者
2015.10 - 参加同济大学医学院夏令营
2014.6 - 安徽大学摄影协会秘书部部长
2012.10 - 2013.10