简介
conda有miniconda和anaconda两个软件,一个是轻量、一个是预装了很多软件的完整版,推荐安装miniconda 。使用conda可以创建不同的软件运行环境,不同的软件环境彼此隔离,不会冲突,也可以在不同的环境中安装同一个软件的不同版本,如python,来满足不同的运行环境需求。另外,conda可以方便进行软件的安装和管理,使用conda install 包名
进行安装。
特别注意: **直接使用conda进行软件的安装速度很慢,可以使用mamba**来替换conda进行使用,所有过程只需要将conda替换成mamba即可。不过,mamba安装包时,会自动替换一些软件的版本,导致后续使用故障,需要重新安装。所以可以多创建一些环境,每个环境不要太大和复杂,减少软件之间的冲突。
创建环境
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创建一个名为py35的环境,指定python版本是3.5
conda create --name py35 python3.5
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激活环境
source activate py35 # for linux
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返回主环境
source deactivate py35
#for linux -
删除环境
conda remove --name py35 --all
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查看系统中所有环境
conda info -e
#环境安装在envs目录下
conda包管理
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为当前环境安装库
conda install -n py35 numpy
# 加上-n指定安装到的环境 -
查看已经安装的库
conda list -n py35
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删除库
conda remove -n py35 numpy
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使用
conda env export > environment.yaml
可将现有的环境配置导出 -
使用
conda env create -f environment.yaml
可以创建一个和environment.yaml
配置一样的虚拟环境 -
通常一些Github开源项目里面也会包含这么一个文件,可以直接通过该文件来配置环境
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使用
conda env list
列出所有的虚拟环境 -
使用
conda env remove -n env_name
删除环境
conda使用技巧
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可以在anconda官网(https://anaconda.org/)进行相关包的搜索,然后找到相关包的安装方法,例如安装R语言的法为
conda install -c r r-base
- conda可以安装R语言,并且可以安装R包,使用十分方便。
- 使用mamba替换conda来进行,可以提高运行效率
安装R包–linux一点血泪经验
- stringi安装需要下载ICU库,可能会提示无法下载该链接,可以通过mamba安装stringi解决
- clusterProfiler直接安装很容易失败,可以拆开,通过install.packages(‘下载源码’)安装,根据提示缺少的依赖,逐个安装解决。如果其中一些大的包无法直接安装成功,也可以通过拆开安装解决。
- mamba安装一些R包的时候,可能会提示缺少依赖,这可能是该包不支持该环境R版本
- 建议尽量使用原装R的安装方式,不用mamba安装R包,可能存在很多问题,有些包可以通过下载源码安装