conda使用

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简介

conda有miniconda和anaconda两个软件,一个是轻量、一个是预装了很多软件的完整版,推荐安装miniconda 。使用conda可以创建不同的软件运行环境,不同的软件环境彼此隔离,不会冲突,也可以在不同的环境中安装同一个软件的不同版本,如python,来满足不同的运行环境需求。另外,conda可以方便进行软件的安装和管理,使用conda install 包名进行安装。

特别注意: **直接使用conda进行软件的安装速度很慢,可以使用mamba**来替换conda进行使用,所有过程只需要将conda替换成mamba即可。不过,mamba安装包时,会自动替换一些软件的版本,导致后续使用故障,需要重新安装。所以可以多创建一些环境,每个环境不要太大和复杂,减少软件之间的冲突。

创建环境

  1. 创建一个名为py35的环境,指定python版本是3.5

    conda create --name py35 python3.5

  2. 激活环境

    source activate py35 # for linux

  3. 返回主环境

    source deactivate py35 #for linux

  4. 删除环境

    conda remove --name py35 --all

  5. 查看系统中所有环境

    conda info -e #环境安装在envs目录下

conda包管理

  1. 为当前环境安装库

    conda install -n py35 numpy # 加上-n指定安装到的环境

  2. 查看已经安装的库

    conda list -n py35

  3. 删除库

    conda remove -n py35 numpy

  4. 使用conda env export > environment.yaml可将现有的环境配置导出

  5. 使用conda env create -f environment.yaml可以创建一个和environment.yaml配置一样的虚拟环境

  6. 通常一些Github开源项目里面也会包含这么一个文件,可以直接通过该文件来配置环境

  7. 使用conda env list列出所有的虚拟环境

  8. 使用conda env remove -n env_name删除环境

conda使用技巧

  1. 可以在anconda官网(https://anaconda.org/)进行相关包的搜索,然后找到相关包的安装方法,例如安装R语言的法为conda install -c r r-base

  2. conda可以安装R语言,并且可以安装R包,使用十分方便。
  3. 使用mamba替换conda来进行,可以提高运行效率

安装R包–linux一点血泪经验

  1. stringi安装需要下载ICU库,可能会提示无法下载该链接,可以通过mamba安装stringi解决
  2. clusterProfiler直接安装很容易失败,可以拆开,通过install.packages(‘下载源码’)安装,根据提示缺少的依赖,逐个安装解决。如果其中一些大的包无法直接安装成功,也可以通过拆开安装解决。
  3. mamba安装一些R包的时候,可能会提示缺少依赖,这可能是该包不支持该环境R版本
  4. 建议尽量使用原装R的安装方式,不用mamba安装R包,可能存在很多问题,有些包可以通过下载源码安装