R语言安装问题

1.1 源码编译

​ 下载源包make编译，但是会有很多问题，不好搞；

1.2 编译后打包下载

​ 使用apt-get或者yum直接下载安装使用，很方便

1.3 anaconda下载

​ 使用anaconda安装，方便管理和后期迁移维护等，安装方法，可以去anaconda官网使用关键词搜索r-base选择一个channel进去，下面有包的安装方法，推荐使用conda-forgeconda官方提供的包进行安装，这个版本的R语言较新，否则R版本过低可能会在后续出现一些包装不上、或者装的R包版本较低，一些函数无法使用。如果想要指定安装版本，用法如下：

mamba install -c conda-forge r-base=4.0

注意：安装建议使用mamba替换conda，速度很快

R包安装过程遇到的各种问题

2.1 直接使用mamba安装R包

​ 这种方法安装速度很快，很方便，但是存在很多包无法安装，或者安装成功后依然无法使用，比如DOSE和ClusterProfiler等。另外该平台也会有一些R包会指定只能某个版本的R语言才能安装，在安装的过程中会报错缺少某个依赖，但是依赖安装完成后，也继续不断报错缺少一些其他的依赖，依赖全部安装完成后会报错当前R版本无法安装该包。

2.2 直接使用R语言在线安装R包

​ 该方法大多数简单的包都可以较为方便的安装，缺点是速度较慢。但是一些较为复杂的包无法直接安装成功，比如DOSE，因为这些包依赖较多，安装过程中需要下载安装很多依赖包，中间会有些依赖包无法下载，或者无法安装。另外还有一个R包stringi，该包直接安装过程中，报错，缺少一个库，但是很多包都需要依赖该包，尝试的很多方法，最后发现，可以使用mamba安装该包。另外还有一个包，安装过程中缺少一个icu库，但是下载 icu4c-69_1-data-bin-l.zip文件失败，这个问题解决方法如下：

sudo apt install libicu52=52.1-6
sudo apt-get install libicu-dev

2.3 DOSE等依赖关系复杂包安装经验

​ 依赖关系复杂的包，直接安装很难成功，可以先在源包，然后使用install.packags('包文件')安装，然后会报错告知缺少对应的依赖包，再使用R在线安装或者手动离线安装，即可以最终安装成功。

2.4 不同版本R包问题

​ edgeR包中有一个plotMDS函数，该函数在低版本R包中没有计算var_explained变量解释度的功能，在我安装过程中发现R3.6默认安装的edgeR版本较低，与R4.1安装的edgeR存在两个版本差，所以使用过程中需要注意。