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二代测序原理
转至知乎-白墨(仅用于个人学习)虽然三代测序现在已经商用，但是目前的主流还是二代测序，尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么，下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。 样本准备 *Sample Prep* 成簇 *Cluster Generation* 测序 *Sequencing* 数据分析 *Data Analysis*0、二代测序基本原理基于可逆终止的，荧光标记dNTP，做边合成边测序1、样本准备 *Sample Prep...…
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git使用总结
git版本控制软件，通过将工作区的文件备份到Repository，并可以上传到远端服务器，可以方便管理文件（代码）修改、更新情况，回溯到之前的文件，也可以创建新的分支在其上开发。使用方法，先在远端服务器创建repository，然后在本地项目文件夹git initi初始化，创建git文件；然后使用git clone url把远端库克隆下来，如果指定文件夹，需要是空文件夹；如果不克隆，也可以使用git remote 命令连接到远端库。日常备份文件前，需要先git pull，与远端库同步，...…
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R语言---对称矩阵快速导出cytoscape网络格式
<!--more--> ， <!--more-->背景最近用R语言做了一万多个基因彼此之间的相关性，结果是对称矩阵，行名和列名是基因名称，矩阵中每个元素M[i,j],表示矩阵M的第i行第j列对应的两个基因相关性值。后续分析中希望将该矩阵转换为基因-基因-相关性值的网络文件，以便后续分析。常规方法通过两重循环遍历对称三角每个元素，这种方法在矩阵行列很多时效率太低，循环到2000多行基本不动。#corMat is the symmetric matrix that ne...…
