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Pytorch深度学习
layout: posttitle: “pytorch深度学习”date: 2021-05-27description: “”tags: [技术, pytorch, 深度学习]概念 机器学习和深度学习原理： 算法，是基于人类指定规则， 机器学习是Input经过人类手动提取特征（真正的输入x），然后mapping from features是完成y对x的函数映射，output是y 表型学习是features的提取也可以学习，自动提取 深度学习，是把数...…
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生物知识概念理解
layout: posttitle: “生物知识概念理解”date: 2021-05-20description: “”tags: [技术, 生物信息学]概念参数理解 GSEA gene ranking方法 默认为Signal2Noise， 还有log2_Ratio_of_Classes， 基因与样本表型之间的相关性 Max Size和Min Size参数 有时会发现你的GSEA结果为啥富集的通路很少，一些关心的通路则根本没在结果中出现，一种原因就是其根...…
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Complexheatmap使用
layout: posttitle: “complexHeatmap热图包使用”date: 2021-05-19description: “”tags: [技术, R, ComplexHeatmap]library(ComplexHeatmap)# dataset.seed(123)nr1 = 4; nr2 = 8; nr3 = 6; nr = nr1 + nr2 + nr3nc1 = 6; nc2 = 8; nc3 = 10; nc = nc1 + nc2 + nc3mat = cbin...…
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二代测序原理
转至知乎-白墨(仅用于个人学习)虽然三代测序现在已经商用，但是目前的主流还是二代测序，尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么，下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。 样本准备 *Sample Prep* 成簇 *Cluster Generation* 测序 *Sequencing* 数据分析 *Data Analysis*0、二代测序基本原理基于可逆终止的，荧光标记dNTP，做边合成边测序1、样本准备 *Sample Prep...…
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git使用总结
git版本控制软件，通过将工作区的文件备份到Repository，并可以上传到远端服务器，可以方便管理文件（代码）修改、更新情况，回溯到之前的文件，也可以创建新的分支在其上开发。使用方法，先在远端服务器创建repository，然后在本地项目文件夹git initi初始化，创建git文件；然后使用git clone url把远端库克隆下来，如果指定文件夹，需要是空文件夹；如果不克隆，也可以使用git remote 命令连接到远端库。日常备份文件前，需要先git pull，与远端库同步，...…
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R语言---对称矩阵快速导出cytoscape网络格式
<!--more--> ， <!--more-->背景最近用R语言做了一万多个基因彼此之间的相关性，结果是对称矩阵，行名和列名是基因名称，矩阵中每个元素M[i,j],表示矩阵M的第i行第j列对应的两个基因相关性值。后续分析中希望将该矩阵转换为基因-基因-相关性值的网络文件，以便后续分析。常规方法通过两重循环遍历对称三角每个元素，这种方法在矩阵行列很多时效率太低，循环到2000多行基本不动。#corMat is the symmetric matrix that ne...…
